導致核酸檢測出現假陽性的原因很多，像標本的污染、試劑的污染、擴增產物的污染、氣溶膠污染以及實驗室中克隆質粒污染等都可能會影響核酸檢測結果，導致其出現假陽性，具體如下：
標本污染
核酸檢測采樣人員在收集標本時容器被污染，或者在放置標本時，如果容器密封不嚴病毒外泄，容器與容器之間會發生相互交叉污染。
其次醫生在提取核酸模板時，如果加樣器污染也會導致要本間發生污染的情況發生。
PCR試劑污染
PCR試劑在調配的過程中，有可能被雙蒸水、加樣槍、容器等污染。
PCR擴增產物污染
PCR擴增產物污染是一種最常見的污染問題，PCR產物的拷貝量大于1013copy/mL,即使被很少量的PCR產物污染，就會導致假陽性的發生。
氣溶膠污染
空氣與離心機離心和液體表面進行摩擦時，由于操作比較劇烈，醫生在反復吸樣和開蓋時就會導致氣容膠發生污染。氣溶膠中的小顆粒會分散在實驗室的空氣中，可能會落到PCR儀、驗臺面、吸頭盒等地方，形成叉感染。
實驗室中克隆質粒污染
實驗室中的克隆質粒在被純化時需要的用具和試劑比較多，而且在活細胞內質粒，活細胞的繁殖速度更快，其生命力更強，造成污染的可能性也就更大一些。
